2001年公開の「ゴジラ・モスラ・キングギドラ大怪獣総攻撃」に登場。今度はモスラやバラゴンとともに倭の守護神「護国聖獣」という設定を与えられて登場。顔つきは再び東洋風に戻った。キングギドラとしては初めて善の設定を与えられ、シリーズ最凶の悪として描かれたゴジラに対し、今度こそ勝利するかと期待されたが、またしても敗れた。駄作が多いミレニアムシリーズの中では最もまともな作品だったが、キングギドラやモスラなど人気怪獣に頼り、新鮮さを欠いた印象は否めない。vsシリーズのようなビオランテやスペースゴジラなどの魅力ある新怪獣を生み出せなかったことも、ミレニアムシリーズの失敗の要因に思える。
ただ、ソフビは非常に良い出来。前傾姿勢のため高さはさほどでもないが、翼が大きく尻尾も長いためスペースを取り、縮小傾向が進んだ2000年代のソフビでは大型。1991年発売のメカキングギドラと並べても見劣りしないサイズだ。vsシリーズのキングギドラのソフビは単調な色だったが、こちらは金色の彩色が美しい。3本の首が微妙に造形が異なるなど、細部までこだわりが見られる商品。千年竜王ギドラのソフビは2015年に新造形で販売されたが、造形がかなり雑になってしまった。この造形で再販されなかったのが惜しい。
