ミレニアムシリーズでは唯一、作品間でストーリーがつながっている「ゴジラ×メカゴジラ」（2002年公開）と「ゴジラ×モスラ×メカゴジラ東京SOS」（2003年公開）で登場するメカゴジラ。劇中では「3式機龍」と呼ばれている。人類の兵器という設定はvsシリーズと同じだが、vsシリーズよりもシャープで攻撃的なデザインになり、旧作とは違いゴジラとの肉弾戦でも戦えるのが特徴。初代ゴジラの骨格をメインフレームとDNAコンピュータを使用したという設定だが、そのため突如として自我を持って暴走するという欠陥がある。そのロボットアニメを思わせる設定から、アニメファンからも人気があるらしい。確かに歴代メカゴジラの中では最も秀逸なデザインだ。
このソフビは「ゴジラ×モスラ×メカゴジラ東京SOS」の重武装型。前作の戦いで失って修復された右腕のディティールもしっかり再現されている、胸の「MFS-3」のマークや、顔や腕の赤いライン、メカニック内部の黒い塗装など、細部まで完成度が高い。全高も20cm以上あり、当時のムービーモンスターシリーズでは大型。当時、バンダイはメカゴジラにかなり期待していたのか、2作品とも「重武装型」と「高機動型」の2種類の機龍を発売。さらに2002年には映画公開に先駆けて、昭和のメカゴジラⅡまで非常に高いクオリティの商品を発売している。
